Если коротко, то большой с 3-мя парусами будет быстрее, при условии, что оба "корабля" могут двигаться только в водоизмещающем режиме (т.е. когда их корпус погружен в воду так же, как в состоянии покоя).
Теперь немного подробнее:
Максимальная скорость судна в водоизмещающем режиме зависит в первую очередь от длины корпуса. Чем длиннее корпус судна, тем большую скорость судно может развить. Подробно можно изучить в книге http://msun.ru/upload/folders/edu_lit/kaf/tus/004.pdf
Количество парусов в вашем вопросе - не точная характеристика. Точнее было бы сравнивать не количество парусов, а общую парусность (площадь парусов). Но, очевидно, вы имели в виду, что у большого судна (3 паруса) площадь парусов пропорционально увеличивается размеру судна в сравнении с маленьким (с одним парусом) Поэтому, при пропорциональном увеличении судна (длины и парусности) максимально возможная скорость будет БОЛЬШЕ у БОЛЬШЕГО СУДНА.
Если рассматривать этот вопрос еще более серьезно, то стоит изучить такие понятия, как энерговооруженность (отношение площади парусов к длине судна), а так же возможность сравниваемых "кораблей" двигаться в режимах глиссирования или в режиме foililng (полета над водой за счет гидродинамических сил, действующих на киль специальной конструкции) https://www.youtube.com/watch?v=w5a1pv1Ym0k
Но и в этом случае, очевидно, большая парусность даст большую скорость.