совсем недавно издательство сделало общий перезапуск вселенной, можно начать с нее. А вообще, я бы посоветовал начать со вселенной Ultimate, запущенной в 2000м году. Это более современная версия классики. Начни с комикса The Ultimates (Алтимейтес), и дальше остальные: Ultimate spider man, Ultimate x-men и тд. На русских сайтах для онлайн чтения, у комиксов алтимейт обычно названия типа "Современный человек паук", только не у Алтимейтс, "Совеременные алтимейтс" это уже другой комикс, который ближе к концу вселенной. Ну и сюжеты из классики тоже надо читать, там много невероятного годняка типа "Гражданской войны".
А магазинов я знаю два, "Чук и гик" на тверской и "28-й магазин комиксов" в дизайн-заводе "Флакон" на дмитровской.