Однозначно, православная церковь в интересующий Вас период имела главенствующее положение в Российской империи, хотя бы потому, что православных было большинство. До 1905 года активно поощрялось обращение в православие иноверцев и язычников, но обратный процесс был незаконен. В 1905 году было объявлено о веротерпимости, т.е. разрешалось иноверцам вернуться в старую веру, государство признавало официальными новые религии (как, например, старообрядчество, так и разные секты). Но несмотря на это, православие оставалось сращенным с государственной машиной (посредством Синода). Пожалуй, только после революции 1917 года Временное правительство объявило о свободе совести, а вместе с этим об отделении церкви от государства.