По очень простой причине.
Проектировщики правильно посчитали, что большинство едет если со стороны Автово, то, в сторону Площади Восстания (тогда пересадка не нужна), или в сторону Невского проспекта, тогда делают пересадку и она очень проста -- перейти на другую сторону платформы. Тоже самое и обратно.
Мало кому нужно сесть в Автово и поехать на Московскую, а если и надо, то это проще сделать наземным транспортом. И с Петроградской на Выборгскую или пл.Ленина тоже проще наземным транспортом. Это так даже сейчас, в эпоху пробок, а на момент строительства метро тем более.
Вот старая схема:
А вот схема по годам, как развивалось: