Результаты анализов, проверок и тестов, и наблюдения. Реакцией на лекарственные препараты, возможные отклонения от установленных норм. И все это сводится к общему знаменателю, и как и у обычного терапевта выносится заключение, с последующим указания диагноза, и методами лечения.
Не могу понять какого именно вы ответа ожидали, перечислять медицинские труды по психоматике и видах психических расстройств, методик обучения, и научной базе. Или нечто иное, что не до конца ясно в вашем вопросе. Но любой врач даже психотерапевт, это в первую очередь врач, так что ответом будет «по методикам медицинской практики»