Чаще появление новых органов происходит в результате видообразования(появления нового вида),которое в свою очередь происходит в следствии различных мутаций или/и изменяющихся условий среды.
Говоря простым языком:если произошло что-то аномальное в окружающей среде(радиация,резкое похолодания и тд) или внутри организма(нерасхождение генов),то это может привести к появлению новых органов.