Каким образом создатели упустили тот факт, что Майкрафт был в достаточно зрелом возрасте, чтобы отличить Виктора от Собаки?

Достаточно послушать внимательнее, и всё встанет на свои места.
Джон, найдя в колодце не собачьи, а человечьи кости, сказал: "Майкрофт обманывал тебя. Нас обоих"

Майкрофт нарочно не рушил легенду про собаку, которую придумал маленький Шерлок. И, разумеется, он знал, что никакого пса не было.