Переработкой муниципального мусора в основном «занимаются» микроскопические грибы, в просторечии называемые плесневыми. Они обладают высокой скоростью роста, способны активно размножаться, и обладают широким спектром экзоферментов, позволяющих разлагать практически любые техногенные и пищевые отходы.
Отходы утилизируются такими видами микромицетов, как например Acremonium strictum, Aspergillus fumigatus, A. niger, A. versicolor, Cladosporium cladosporioides, Penicillium aurantiogriseum, P. funiculosum, P. brevicompactum, P. chrysogenum, P. frequentans, P. lanosum, P. roquefortii, Paecilomyces variotii, Mucor circineloides, Chaetomium globosum, Scytalidium thermophilum, Stachybotrys сhartarum, Trichoderma viride.
К числу утилизируемых субстратов относятся бумага, картон, древесина, ткани, масло, топливо, краски, лаки, полиэтилен, пластмассы, электрокабели, металл с покрытием, кожа, воск, оптика, руда, камень, бетон, асфальт, масло, топливо, стройматериалы (штукатурка, кирпич, ГКЛ, линолеум и др.)
При компостировании городских отходов обычно наблюдается хорошо выраженная сукцессия (последовательность развития) с тенденцией к повышению видового разнообразия грибов. Сообщество микромицетов организуется, находясь под воздействием меняющихся внешних метеоусловий. На сообщество плесневых грибов-утилизаторов влияет также состав городских отходов, который может изменяться в течение года. Таким образом, микроскопические (плесневые) грибы играют большую роль в биотрансформации городских отходов в компост. Биологически качественный, полноценный компост, получаемый в результате переработки мусора, в дальнейшем предназначается для обогащения почвы органическими веществами.
Некоторые входящие в компосты виды грибов могут быть серьезными патогенами человека и животных, а также фитотоксичными, например Aspergillus fumigatus, A. niger, Cladosporium cladosporioides, Penicillium funiculosum, P. chrysogenum, Paecilomyces variotii, Scopulariopsis brevicaulus. В то же время они имеют большое функциональное значение в деградации отходов, особенно на стадии термогенеза. В связи с этим особую важность приобретает мониторинг указанных видов в компосте. Все эти виды могут играть большую роль на начальных этапах компостирования, однако в готовом компосте их численность должна быть минимальной, что и происходит при нормальном ходе процесса компостирования.