Здравствуйте, главный недостаток - вы пользуетесь ровно тем набором команд, которые заложил в систему разработчик. Что-то изменить вы не сможете. Например, если у вас есть налоговая льгота, типовая онлайн-бухгалтерия может ее не учитывать. В результате, вам сделают расчеты без учета льгот и вы переплатите.
Далее, есть и мелкие недостатки (хотя для кого-то и существенные) - для онлайн-бухгалтерии нужен доступ к Интернету; база с данными вашего бизнеса хранится на чужом сервере.