Если компании, ИП, самозанятые, физические лица ничего не нарушают: последствий никаких не будет, не нужно бояться взаимозависимости.
Но я полагаю, что контроль за такими лицами со стороны фискальных органов: существенно выше.
Другой момент - это определенные действия таких лиц. Например, в фирме было 100 человек, из них 50 уволилось, открыли себе самозанятость и работают в этой же фирме. Какая первая мысль у контролирующих органов? Если бы я был сотрудником ФНС, у меня бы первая мысль была: оптимизировали подоходный налог и страховые взносы. И, возможно, под давлением заставили людей открывать самозанятость. А вот здесь уже могут быть последствия.