В первую очередь различия языковые. Латвия и Литва говорят на древних и почти вымерших балтских языках, при этом родственные латышский и литовский довольно разительно друг от друга отличаются. Эстония говорит на эстонском - финно-угорском языке, близком к финскому. Кроме того есть разница и в самоощущении. Если Эстония хочет быть "Северной Европой" и гордится связями со Швецией и Финляндией, то Литва это 100% Восточная Европа навроде Белоруссии или Польши. Латвия находится где-то по середине в полуабстрактной "Прибалтике" со столичным городом Ригой - самым большим и самом парадном в трех странах. Есть и огромные производственные различия, если Эстония всегда была промышленной и добывающей страной с развитым технологическим комплексом (сейчас она хороша в IT), то Латвия и Литва это в основном сельскохозяйственные державы.
Наконец, Литва это постимперское государство, литвинское дворянство играло ключевую роль и в Польско-Литовском государстве, и в Российской империи не потерялось, сохранив права в том числе на территории Белоруссии. Латвия и Эстония - республики оккупированных народов, властвовали тут немцы, эстонцы и латыши были в основном крестьянами и мастерами у них на службе. Только в ХХ столетии они получили свою государственность впервые с эпохи до вторжения германских крестоносцев. Отсюда и болезненное отношение к советской оккупации.
В целом республики Балтии имеют гораздо меньше общего, чем различного. Архитектура, национальный состав, кухня, политика... Это три прекрасные страны, каждую из которых можно исследовать годами.
"говорят на древних и почти вымерших языках" - да Вы, батенька, филологоанатом!