Какие хорошие видеоигры не были оценены по достоинству?

Тут всё очень субъективно!
Например, серия игр Ultima не оценена многими из нас как действительно что-то ценное для жанра RPG. Во многом потому что мы с ней и не ознакомились когда-то. Fallout при этом ценят многие, что оправдано. Он стал настолько популярен, что все знают его предтечи - Wasteland. Более того, все знают достоинства Wasteland из многочисленных роликов по истории Fallout) Никто в пустоши не играл, но все поняли, что это как фалаут (значит хорошая игра). При этом далеко не многие оценили Wasteland 2, хотя он преемник Wasteland и первых классических Fallout. Это к тому как нередко формируется мнение и как эта система разваливается.

Если подразумевать под не оценённой по достоинству игрой ту игру, которая не получила широкой популярности, то я могу вспомнить Alpha Protocol,  который претендовал на хитовую игру (я ещё помню как она рекламировалась). 

Это action RPG про агента-новичка в спец отряде с системой прокачивния, влияющей на игровой процесс и диалогами, которые, конечно, влияют не меньше.  Чем-то похоже на Mass Effect, попробуйте сыграть. 

p.s. Может несколько сумбурно. Извиняюсь.