Вообще говоря, согласно действующему законодательству собственно сам договор не регистрируется, так же как и изменения к договору - регистрируется предоставление права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации по лицензионному договору (ст. 1235 НК РФ) и изменения в зарегистрированное предоставление такого права.
Ст. 1232 содержит перечень сведений для регистрации предоставления права, соответственно, и изменения этих сведений подлежат регистрации, а именно изменение:
наименования или имени, места нахождения или места жительства и адреса для переписки сторон договора;
предмета договора;
срока действия договора;
территории, на которой предоставлено право использования результата интеллектуальной деятельности;
предусмотренных договором способов использования результата интеллектуальной деятельности или товаров и услуг, в отношении которых предоставляется право использования средства индивидуализации;
наличия согласия на предоставление права использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации по сублицензионному договору, если согласие дано;
возможности расторжения договора в одностороннем порядке;
Так что да, изменение финансовых условий в регистрации не нуждается.