Какие есть способы работы с дневником, с записями в нём, с написанными мыслями, чтобы разобраться в своих желаниях, целях (и стоит ли это вообще делать)?

Есть целое ответвление психотерапии, посвященное использованию письменных практик самостоятельно или с помощью психотерапевта - нарративный подход.

Чтобы более подробно ознакомиться с этим направлением, можно почитать, например, сайт профессионального психотерапевта Дарьи Кутузовой и ее же книгу "16 тем". Она описывает конкретные упражнения, которые могут помочь разобраться в себе, в своих целях и проблемах.

Еще вариант ведения дневника можно подцепить в книгах Джулии Кэмерон "Путь художника" и "Золотая жила", которые направлены конкретно на снятие творческих блоков и проблем с самореализацией. Джулия не психотерапевт, а сценарист и написала книги на личном опыте.

Еще простенький вариант  - купить пятибук, этими блокнотами с надписями на обложке вроде "Мои пять лет" сейчас завалены все книжные магазины. Схема предполагает ежедневные ответы на вопросы от незамысловатого "что я ел на завтрак" до какого-нибудь глубокомысленного "что бы я хотел изменить в себе" с наблюдением динамики в течение пяти лет. Ничто не мешает вам заменить глупые и неподходящие вопросы на умные и составить себе такой динамический портрет.

Помимо этого, если у вас есть объем уже сделанных записей хотя бы месяца за три, вы можете сесть и проанализировать их на предмет:
1. Повторяющихся тем. Иногда на словах мы расцениваем какие-то проблемы или людей как незначительные и неважные, а на самом деле постоянно к ним возвращаемся. Отдельно интересно пронаблюдать, когда тема только появилась в записях, в какие моменты затухает, а когда разгорается.
2. Динамики настроения. Можно поискать сезонные циклы, месячные (да, у мужчин тоже), неявные триггеры, после которых настроение падает или взлетает. Отдельно интересно проследить, сколько вообще дней вы чувствовали себя на подъеме, а сколько на спаде, на предмет выявления депрессивного состояния.
3. Неочевидных зависимостей и паттернов. Что вы делаете после неудач? Что предшествует неожиданным провалам на работе или в общении? Как быстро вы бросаете новые увлечения, по какой схеме развивается интерес и на какие подводные камни вы натыкаетесь? Самое интересное здесь - анализ ситуаций, которые у вас повторяются, но вы склонны расценивать их повторение как неуправляемое стечение обстоятельств.