Теория эволюции повествует нам о постепенном развитии живых организмов под действием тех или иных внешних и внутренних факторов. Поэтому вопрос не совсем понятен - контр-доказательства чего? Того, что не было постепенного развития? Если я правильно поняла тему, скорее всего вопрос про альтернативные теории происхождения жизни на Земле и ее развитие.
Существует много гипотез на эту тему, кроме того в истории науки биологии тоже было много предположений. Например, считали, что жизнь зарождалась несколько раз и гибла в результате глобальных катастроф. И все ископаемые останки - это следы таких вот массовых вымираний. Это интересно с точки зрения развития науки, но не выдерживает критики на сегодняшний момент. Как и гипотеза про упражнение тех или иных органов в течение жизни и впоследствии - закрепления признаков, полученных в результате этих упражнений, генетически.
Основными являются по сути две теории. Теория происхождения биотическая, которая включает по сути и занесение из космоса, и возникновение в первичном бульоне. И даже не теория, но мнение - о Божественном происхождении жизни. Причем вторая может и не исключаться первой, если рассуждать, что некто - творец - создал мир таким, что в нем стала возможна эволюция.
Это что касается альтернативных теорий. А если говорить про контр-аргументы, то чем больше люди исследуют окружающий мир, тем больше находят доказательств для теории эволюции, в научном сообществе нет сколько бы то ни было весомых альтернатив. И контр-аргументы значимы только в конкретных вопросах - возраст происхождения того или иного вида, к примеру. Однако существует множество псевдонаучных теорий. Некоторые из них очень интересно звучат, но, к сожалению не могут предоставить какие-либо доказательства, заслуживающие внимания.