С большой буквы пишутся только наименования высших должностей и почетных званий.
Например, Президент Российской Федерации – одна из высших должностей, но президент организации. Также написание с большой буквы могут устаналвивать специальные ведомственные инструкции. Такая инструкция есть для Мэра Москвы.