Если для интернет-магазина или сферы услуг, то мои клиенты чаще всего работают с эквайрингом от Альфа-банка. У них комиссии ниже и куча других плюшек. Плюс они сами разрабатывают своё ПО. Для работы официально с банками схема такая: у вас должен быть коммерческий счёт в банке, затем заключаете договор экварийнга (с любым банком, не обязательно с тем, где открывали счёт, потом подключаете онлайн-кассу). Далее уже можно будет подключать платежи к интернет-магазину или просто выставлять счета по ссылкам.
Если речь о фрилансе, то самые популярные электронные кошельки
Ю.Money, WebMoney, QIWI. Выбирать следует исходя из того, с какими из них работает тот, кто вам будет делать платежи. Некоторые биржи платят только на WebMoney, другие менее консервативны.
Для организаций еще доступны платежные агрегаторы: Ю.Касса, Robokassa, PayKeeper, где принять онлайн оплату можно и банковской картой, и электронными деньгами, и переводом со счёта на счёт, и через платёжные системы. В общем полный набор. Но за все придется платить. Комиссия составит в среднем от 3% и ориентировочно до 8% - в зависимости от агрегатора и выбранного клиентом способа платежа.