Пипец – эвфемизм к слову «пиздец».
Капец – эвфемизм к слову «конец».
Есть мнение, что слово «пипец» родилось во время, когда ненормативную лексику начали заглушать звуком, звучащему как «пип».
Основная разница в том, что много людей приравнивают «пипец» к мату, а «капец» - нет.