Не важно, для какого учреждения вы создаёте логотип: от этого будет зависит стиль исполнения, идея, но не выбор программы. Все логотипы рисуются в векторе (чтобы проще было масштабировать под разные носители), поэтому вам в помощь Adobe Illustrator или его аналоги.