Лучшая по каким критериям?
Часто используется Jira, но возможно, что всё поменяется и будем использовать отечественные сервисы. В таком случае можно рассмотреть Яндекс Трекер или Битрикс 24.
Я однозначно советую Аспро.Agile. Работа по гибким методологиям — это самое то для веб-разработки. Сейчас, кстати, у нас акция для новых пользователей, о которой можете прочитать в новом посте и воспользоваться :)