Способов много. Самый популярный по последовательному интерфейсу SPI с помощью внутрисхемного программатора (например UBASP, UBISP и т.д.). Реже применяются отладчики по JTAG (поддерживается не всеми микроконтроллерами, Atmega16 поддерживает). При программирование, с осторожностью нужно подходить к фьюз битам и без необходимости их не трогать. При некоторых установках фьюзов, эти программаторы не работают. В таких случаях требуется параллельный программатор или фьюз бит доктор.