Удаление программы с телефона или компьютера — это просто удаление приложения. Аккаунт Яндекса у вас остаётся, а соответственно остаётся всё, что было у вас выгружено на Яндекс.Диск. Вы откуда угодно можете зайти в аккаунт на disk.yandex.ru и увидите всё, что было выгружено.
Но вот если удалите фото в программе Яндекс.Диск, то это удалится везде.