Как загрузить файлы с Яндекс.Диска без браузера, а по прямой ссылке? Например, с помощью wget.

Я бы попробовал через WebDAV (можно смонтировать с fs davfs2). Я бы попробовал получить токен здесь и указать точку монтирования в fstab, но сам таким не занимался.