Вам нужно сформировать два Приложения 7 "Расчет имущественных налоговых вычетов по расходам на новое строительство либо приобретение объектов недвижимого имущества".
То есть по каждой квартире будет отдельное приложение. При этом сумму вычета показывают один раз на последнем листе Приложения в отношении всех объектов, по которым он заявляется.
Об этом сказано в пункте 13.3 инструкции по заполнению декларации (цитата):
13.3. В случае если налогоплательщиком по Декларации заявляются имущественные налоговые вычеты по расходам, связанным с приобретением (строительством) нескольких (разных) объектов недвижимого имущества, то заполняется необходимое количество страниц Приложения 7, содержащих сведения об объектах и произведенных по ним расходах. При этом расчет имущественных налоговых вычетов (строки 100 - 180 Приложения 7) в этом случае отражается только на последней странице.
Экономист. Помогу оформить 3-НДФЛ WhatsApp+7911703... · 17 сент 2022 · taplink.cc/natashasemkina2017
Указать два объекта недвижимости, два кадастровых номера. Общая сумма возврата за 2 квартиры будет 2 млн.
Со второй квартиры автоматически программа высчитает остаток до 2 млн, укажите только сумму вычета за первую и вторую квартиру.
Со второй квартиры автоматически программа высчитает остаток до 2 млн, укажите только сумму вычета за первую и вторую квартиру.
Помогу заполнить 3-НДФЛ удаленно по всей России. Все вычеты, любой сложности. 
Перейти на taplink.cc/natashasemkina2017
В личном кабинете налогоплательщика все очень удобно по шагам можно заполнить.
Сначала описываете первую квартиру. Потом вторую.
Программа сама сплюсует.