Метаданные в музыкальном файле MP3 хранятся в формате ID3 (вот про него на вики - wikipedia.org) . Один из тэгов в нём отвечает за наличие обложки. Она появляется в файле либо в момент записи оригинальной версии файла, либо в момент конвертации в другой формат, либо в некоторых случаях её может искать ваш аудиопроигрыватель в общедоступных базах интернета (напр. FreeDB) и подтягивать как дополнение к уже существующей об этом треке информации (исполнитель, название песни, название альбома, номер дорожки и т.д.) То есть если вы лично ничего не делали, а она появилась сама по себе - это дело рук вашего аудиоплеера ;)