Можно в разделе Справочники - Склады выбрать ненужный склад и поставить его на удаление. Затем через Администрирование - Удаление объектов попробовать удалить данный склад. В случае, если не будет актуальных ссылок на данный склад (запрещающих удаление) - он может быть удален.
В программе объекты 1с можно удалить двумя способами:
С помощью интерактивного удаления (прямое удаление без контроля ссылочной целостности)
Через пометку на удаление (удаление с контролем ссылочной целостности)