Всё зависит от вида полёта. Первые полёты были короткими и космонавты ходили под-себя в скафандр, который был рассчитан на это. Когда полёты стали более продолжительными и космонавтам можно было основное время находится без скафандров, то корабли стали оснащать туалетами. В туалетах отходы попадают в специальный резервуар в котором фильтруются благодаря вакууму на жидкость и сухую массу. Жидкость сначала просто утилизировали в открытый космос, но сейчас её расщепляют на составляющие и "пускают в повторное использование", т.е. отделяют отдельно кислород, воду, водород, другие полезные элементы. Были опыты по использованию душа на борту корабля, но это экономически не выгодно - сейчас космонавты моются влажными салфетками. Все твердые отходы хранятся в контейнерах и на Земле по прилёту уже утилизируются, но это что касается крупных кораблей, типа шаттл. Если полет долгий и космонавты спускаются в командном модуле на Землю, то отходы сгорают в атмосфере вместе с отстыкованной частью корабля.
Судя по Терешковой - выбрасываются на землю...