Если телефоны, указанные в дубле актуальны, то вы можете просто открыть карточку дубля на Яндекс Картах, затем найти ссылку "стать владельцем на Яндекс.Картах" и перейти по ней. Следуйте инструкциям и подтвердите права. Далее компания уже буде в вашем кабинете Справочника и там можно ее удалить.