Прювет...
Если я правильно понял вопрос, что нужно подключить, а что отключить, зависит от требований к сайтам. В управлении КАЖДОГО сайта, в ПУ хостинга, имеются отдельные настройки для каждого домена/сайта. Так, например, если у тебя есть один полноценный сайт и одна Посадочная/Продающая Страница (Landing Page), для первого - нужно настроить сервер, БД и ФТП, для второй всё это необходимо отключить, кроме PHP, если предполагается возможность отправки писем-заказов, в противном случае и это не нужно. Таким образом на многом можно сэкономить.
В остальном, индивидуально настройки зависят от хостинг-провайдера и используемой оболочки для управления сайтами.
Узнать какие сайты привязаны к рабочим доменам. Затем, исключив их, через файловый менеджер хостинга или FTP удалить оставшиеся файлы. Если нужна помощь - обращайтесь.