Если шахта ржавеет, то лучше поменять её на изделие из нержавейки. Если же есть большое желание убрать ржавчину, то существуют народные методы вроде уксусной кислоты, но надо понимать, все ли части кальяна смогут выстоять перед этим. Лучше использовать ёршик для шахты, что бы прочистить её по всей поверхности изнутри. После такой процедуры, лучше положить кальян в воду и добавить немного соды для нейтрализации уксуса и всё промыть большим количеством проточной воды.
Повторюсь, лучше купить шахту из нержавейки, это будет безопаснее для вас и процесс курения принесёт больше удовольствия, так как такую шахту легче отмыть от налёта и запаха от курительных смесей.