Потому что шестая заповедь - она не о лишении человека жизни вообще. Это запрет именно криминального убийства, она не исключила, в том же Ветхом Завете, ни смертной казни, ни военных действий.
Этой заповедью убийство вводится в "правовое поле", а не отменяется как таковое.