Единственный ОТНОСИТЕЛЬНО надежный способ - не пользоваться загрузчиками, а качать по прямым ссылкам или с торрентов.
Можно также запретить системе установку нежелательного ПО. Подробно описывать способы здесь не имеет смысла, их нетрудно найти в интернете. Например: nigma.ru