Как сделать так чтобы приложения скачанные на iPhone не скачивались на iPad? И там и там в appstore один и тот же iCloud.

Для того чтобы скачивалось только на iPhone, тебе нужно зайти в настройки и выбрать пункт в меню iTunes Store и нажмите Автоматические загрузки на переключатель Программы. И все автоматически не будет больше качаться на оба устройства.