Окунь достигает половозрелости на 3–4-м году (очень редко, в кормных водоемах - на 2-м году жизни). Его нерест начинается только после исчезновения льда на водоемах. За некоторое время до нереста окраска окуня становится особенно яркой. Окуни собираются стаями в заводях, старицах и других местах, мелких и без течения. Самки выметывают икру, склеенную в виде лент 1,5–2 м длиной, которая потом прикрепляется к растениям при температуре воды +7-8 градусов С. Размеры отдельной икринки немного больше 1 мм. В двухсотграммовом окуне насчитывается от 200 до 300 тысяч икринок, а в крупных гораздо более. Самцы выделяют в это время семенную жидкость – молоки.
Подвижные сперматозоиды подплывают к икринкам и проникают в них. Оплодотворенная клетка начинает делиться. Образуется многоклеточный зародыш, у которого на брюшной стороне виден желточный мешок – остаток запаса питательных веществ икринки. Через 9–14 дней после оплодотворения икринки личинка окуня покидает оболочку икринки и начинает самостоятельно питаться, сперва микроорганизмами, а потом мелкими рачками и другими животными, взвешенными в толще воды. Через некоторое время личинка становится похожа на взрослого окуня и называется мальком. Малек растет сравнительно быстро: примерно через два месяца длина его достигает 2 см, а через год молодой окунь имеет длину около 10 см.
Значительное количество икринок и личинок гибнет при обсыхании или от врагов, которых в этот период у окуня предостаточно. Это не только рыбы и водоплавающие птицы, но и различные мелкие водные организмы, которые сами являются пищей окуня. Только благодаря большому числу первоначально выметанных икринок достаточное количество окуней достигает взрослого состояния.
Известны исключительные случаи доживания окуней до 15 лет, но старше 5 лет они встречаются редко. Обычная длина тела взрослого окуня –30–50 см. при весе 800–1000 гр. Самым крупным окунем, который был пойман в России считается икряная самка весом 5,965 кг. Она была поймана в 1996 году на озере "Тишкин сор" в Уватском районе Тюменской области.