Как разъехаться, продать двушку, где прописано трое детей несовершеннолетних двух сестер, и купить две однокомнатные? Возможно это?

Возможно. Нужно больше вводных данных. Например , согласны ли сестры зарегистрировать детей по другому адресу,кто собственник квартиры, гле находится квартира и т.п