По опыту, сотрудникам уходящим на больничный по причине изоляции при положительном результате на коронавирус - больничный считался самым обычным образом. Его открывают после того, как РПН (Роспотребнадзор) поставит окончательный диагноз. Обычно больничный открывается дистанционно по звонку в поликлинику к участковому врачу. Вы ставите их в курс и всё. Далее отчитываетесь в течении времени самоизоляции. Пример приведён на опыте г. Пушкин, Ленинградской области