Мне очень хочется сделать симуляцию взаимодействия атомов. Сначала пробовал максимально упрощенно:
Сделал нейтрон, электрон, протон, сделал им примерно пропорциональные реальным заряды и массы, напрограммировал как на основе этих значений частицы будут взаимодействовать. Сделал атом водорода, а затем скопировал его на отдалении. По идее, ничего не должно было произойти, но они притянулись и слились во единое странное, по идее вроде и невозможное в реальном мире. Тут я понял - надо усложнять правила. Копнуть глубже. Ну я и начал... Искал я долго, но так и не нашел внятного списка правил, по которому работают кварки. Даже если бы правила были обстрактными, хоть что-то. Но нет. Знающие люди, помогите! Очень хочется посмотреть на то, как, например, образуется молекула водорода из двух атомов, ведь на самом деле электроны не просто так вращаются вокруг двух ядер отдельно, они притягиваются одновременно к двум одновременно, болтаются посередине, попутно отталкиваясь...
Если вам хочется посмотреть как два атома водорода образуют молекулу H2, то можно воспользоваться готовой программой симулятором HyperChem, которая позволяет и визуализацию сделать и некоторые численные расчеты провести, например уровней энергии электронов и т. п. (правда, расчеты несколько расходятся с экспериментальными)
В случае, если вы хотите самостоятельно разобраться в теории, чтобы построить модель атома водорода и написать свои программы для симуляций, то вам необходимо будет разобраться в законах квантовой физики (обычное электрическое взаимодействие между электроном и протоном приведет к тому, что через небольшое время электрон упадет на протон), - см. постулаты Бора, модель атома водорода, а также, можно попробовать разобраться с волновым уравнением (Шрёдингера) для системы взаимодействующих протона и электрона, находящихся в связанном состоянии (протон тяжелее электрона в ~1860 раз, поэтому можно считать, что он будет неподвижен и начало системы координат (3D) отсчитывать от положения протона, тогда задача может быть решена даже аналитически), а после попробовать рассмотреть задачу для более сложных атомов (но уже с применением выч. методов на компьютере) или для двух и более числа атомов. Но, опять таки, на основе известных законов квантовой физики, вряд ли получится сделать что-то лучше, чем HyperChem. Скорее, можно разобраться в теории выч. методов, на которых основан HyperChem, и постараться найти недостатки и модернизировать уже готовую программу, если получится.
Надеюсь, что помог вам с поиском ответов на ваши, весьма непростые, вопросы.