Первым делом налогоплательщику, претендующему на возмещение необходимо подать в ФНС декларацию по НДС, декларация должна содержать необходимую информацию, которая позволит налоговому органу удостоверится в сумме НДС подлежащей возмещению;
после поступления декларации в ФНС назначается камеральная налоговая проверка с целью выяснить законность требования налогоплательщика. Сроки проверки не должны превышать три месяца по истечению которых выносится акт налоговой проверки с фиксацией правонарушений в случае их выявления или решение об удовлетворении заявления о возмещении НДС, решение принимается в течение 7 дней. Налоговый орган обязан в период не превышающий 10 дней, письменно сообщить налогоплательщику (лицо в отношении которого проводилась проверка) о принятом решении вынесенного по результатам налоговой проверки.;
в большинстве случаев налоговый орган принимает решения об отказе в возмещении НДС. В связи с чем заявителю необходимо первым делом обжаловать акт налоговой проверки путем подготовки мотивированного возражения на акт налоговой проверки и направления его начальнику налогового органа, вынесшего оспариваемый документ. Налоговый орган обязан принять данное возражение. Более подробно Вы можете ознакомиться здесь: Возмещение НДС