Отвечу на примере.
Вы купили облигацию при размещении за 1000 рублей с купоном 5%. Через полгода компания выплатила вам часть номинала, допустим 100 рублей. Далее вы будете получать купонный доход 5% не от 1000 рублей, а от 900 т.е. не 50 рублей, а 45.
Если вы решаете ее продать, то продажа осуществляется по рыночной цене. Эта цена идет от номинальной стоимости, которая уже 900 рублей т.е. например 910 рублей.
Человек, который покупает эту облигацию переплачивает 10 рублей и держит облигацию номиналом 900 рублей, получая купонный доход 45 рублей в год.
Эмитент погашает облигацию по остатку номинала: 900 рублей, а не 1000 рублей как было при выпуске.