Прошло 2 года, но по приколу отвечу:
1) сначала нужно проследить, чтобы названия костей и названия групп вершин имели разные имена;
2) отсоединить скелеты от одежды и волос "alt+p";
3) соединить все скелеты через "ctrl+j", выбрав последним основной (вроде последним, точно не помню, но если это неверно, тогда "ctrl+z" и поменять направление выбора)
4) на скелеты одежды и волос не забыть установить нужного родителя из основного скелета. Или там сам родитель ли поставится… (уже не помню). Но в любом случае нужно проследить, чтобы у каждой кости была своя родительская кость. Какая конкретно - зависит от ваших задач, но к волосам обычно цепляют head или neck, какая там у вас кость идёт, я не в курсе.
Когда я работал с разными скелетами, у меня было так: есть основной скелет с персонажем и есть скелет с волосами. В основном скелете до головы идут кости: hip, spine, spine1, spine2, neck, head + кости мышц лица. В скелете с волосами идут те же самые кости (hip, spine, spine1, spine2, neck, head, но без костей лица) + кости волос. Т.е. основные кости во втором скелете (кроме костей именно волос) все повторяются как в основном + они влияют на волосы только перемещением и поворотом, а уже сами кости волос влияют на волосы весами (через weight paint прорисовываются).
И я лично не стал объединять эти скелеты, а просто к костям hip,…, head добавил copy location и copy rotation к костям hip,…, head из основного скелета (делается это через add bone constrain) - hip на hip, spine на spine и так далее. Если чисто в блендере работать, то мой способ - норм. Для экспорта в юнити или куда-то в другое место лучше объединить, конечно, так как констрейны в них уже не будут работать.
Ах да, забыл добавить:
5) меши тоже нужно объединить через "ctrl+j".