Всегда желательна чистая установка windows, она гарантирует отсутствие программных ошибок и неудачных изменений в реестре, которые потом допускает пользователь при установке и настройке различных программ. При чистой установке всегда делается форматирование диска, на который будет ставится windows. Этим и отличается чистая установка от переустановки.