Самое простое - разместить объявление на сайте компани о том, что она деятельность в Германии не ведет, филиалов с таким названием не имеет и т.п. Раз отказ не был обжалован, то ничего с ним сделать, полагаю, уже не получится. Значит другая компания ведет деятельность под данным знаком на законных основаниях. Наверняка у них есть и документ о регистрации с соблюдением всех формальностей и право на данный товарный знак на территории Германии. Если же компания планирует там деятельность, то сделать другой знак, и указать его как официального представителя такой то компании.