Всё зависит от того, какая из этих активностей для вас приоритет. Важный момент при построении программы тренировок — не забывать про выходные дни. Должен быть хотя бы один выходной день совсем без тренировок. Если основа вашего плана — бег, то можно 2–3 раза в неделю к нему в пару добавлять йогу и мфр, в качестве разминки или заминки после бега. А оставшееся время отдать пилатесу.