Через счет 57
В 1С в учетной политике ставим галку - используется счет 57
В 1С в продажах - выставляем "счет покупателю" на сумму оплаты от физ.лица, там его реквизиты и проводим. Далее ждем "создать на основании" и делаем "акт, накладная" (физ.лицо ведь что-то получает после оплаты, в акте пишем что, услуга СЕО например. Если это товар - значит делаем накладную на товар, указываем реквизиты физ.лица, ФИО итд. Далее накладную проводим, после в накладной ждем "создать на основании" и выбираем операция по платежной карте - указываем сумму. Указываем договор (его можно сделать один для всех, например назвать оплата на сайте, ведь в накладной уже есть реквизиты физл).
Далее делаем поступление на расчетный счет. Если поступление на р/с уже загружено из интернет банка - то в банковской выписке далее поступление на р/с - в операции - выбираем "поступление по платежным картам". Указываем сумму и комиссию. Важно: что сумма + комиссия = это та сумма которая в счете, накладной указана. Идем в операции, смотрим ОСВ по счету 57 по Д и К должна сумма быть одна