Как отключить надоедливые уведомления от Яндекс Protect? Установил расширение tampermonkey, отключил защиту в Яндексе, но идут уведомления.

Само это расширение рекламу и уведомления не блокирует. Нужны еще скрипты, которые в этом расширении запускаются. Например этот. Поищите в сети скрипты под это приложение.