Во-первых, ваше наблюдение о слабом отличии евреев от европейцев мало соответствует действительности. Да, потомки ашкеназим (я использую множественное число, принято говорить "ашкеназ/ашкеназы") действительно имеют "европейскую" внешность (особенно если это нерелигиозные евреи, носящие обычную для западного мира одежду, говорящие на языках стран проживания и т.д.). Но на самом деле из-за более двух тысяч лет жизни в диаспоре (или "рассеянии", как переводится это слово на русский язык) появилось и существует множество этнических групп евреев, которых объединяет между собой общая история, самоощущение себя евреями и традиции, но при этом внешность их может быть самой разнообразной, от темнокожих египетских евреев "фалаша" и похожих на своих индуистских соседей "бени-исраэль" до среднеазиатских евреев, неотличимых от своих соседей-узбеков.
Что касается того, как нацисты могли определить, кто еврей, если "человек с рождения живет в Германии, говорит по-немецки и имеет немецкое имя", то такое не составляет труда - у человека, родившегося в Германии, есть паспорт, в архиве выдавшего его учреждения есть документы о его родителях, в церквах и других религиозных общинах - метрические книги, по которым реконструировать семейную историю было просто. Кроме того, в то время человек чаще всего принадлежал к какой-либо религиозной общине страны, и государственные органы фиксировали у себя и официальную религиозную принадлежность человека (даже если он и ни во что не верил), а его религиозные корни вполне можно было проследить, особенно если в связи с обстоятельствами в соответствии с законами о чистоте крове требовалась проверка родословной. Как известно, с момента принятия этих законов в Германии были запрещены браки и сексуальные отношения между арийцами и неарийцами, поэтому для вступления в брачный союз жених и невеста должны были предоставить сведения о своём происхождении. Ввиду развитой бюрократии в германских государствах подобное не представляло труда. К началу 1933 года в Германии проживало ок. 500 тыс. евреев (верующих иудеев, крестившихся в католичестве или протестанстве, неверующих), у всех у них были документы, в которых в 1935 году была проставлена буква "J" - именно проверка документов и была главным способом определения этнической принадлежности их обладателя.
Распространённые байки о "сними с него штаны", как вы понимаете, мало релевантны происходившему - просто хотя бы потому, что удаление крайней плоти у мужчин бытует не только среди евреев, но и среди мусульман, некоторых групп христиан и является довольно распространённым хирургическим вмешательством. В этой логике немец, родившийся в США и решивший во нацистские времена репатриироваться в рейх, мог быть с огромной вероятностью назван евреем - просто потому, что в начале XX века обрезание мальчиков там стало пропагандироваться как средство решения "проблем" полового созревания и до сих пор очень широко распространено (вплоть до стереотипа "если увидишь в сауне/душе/на нудистском пляже обрезанного - это американец"). До недавнего времени циркумцизия (хирургическое название операции по удалению крайней плоти) было единственным способом вылечить фимоз (болезнь, вызывающую не только неудобство при сексуальном контакте, но и потенциально опасную для мужского здоровья вследствие невозможности нормальной гигиены половых органов). Есть люди, которые добровольно делают себе такую операцию - для расширения своих чувственных ощущений (есть такой предрассудок среди многих мужчин). Поэтому наличие обрезания не доказывало ровным счётом ничего - какой-нибудь партийный функционер или высший фюрер СС с доказанной "арийской" родословной с 1650 года вполне мог оказаться обладателем лишённого крайней плоти пениса просто потому, что его прооперировали в детстве от фимоза.
Определение "еврейскости" человека по внешности тоже не давало никаких гарантий истинности умозаключения. Да, немецкие "расоведы" (которых сейчас можно назвать просто шарлатанами) разработали и создали гигантский инструментарий для определения расовой принадлежности и "долей" той или иной расы в человеке исходя из его внешности, но подобное на практике приводило к какой-то фантасмагорической путанице и множеству несправедливых или наоборот идиотских решений. История ефрейтора Вернера Гольдберга, мишлинга 1-й степени, фотография которого распространялась как снимок человека с образцовой внешностью "арийца", говорит сама за себя, но таких историй была масса. Немецкий журналист Тео Зоммер, в юности бывший воспитанником одной из "элитных" нацистских школ (эта сеть школ была создана организационным руководителем НСДАП и руководителем Германского рабочего фронта Робертом Леем и базировалась в четырех "орденских замках" - Фогельзанге, Зонтхофене, Крёссингзее и Мариенбурге) вспоминал, как в такую школу не смог поступить мальчик "с квадратной головой как у старого Гинденбурга". Дело в том, что людей с таким строением черепа, как у рейхспрезиндента-фельдмаршала (а также у канцлера Отто фон Бисмарка) считали принадлежащими к т.наз. "фальской расе" - некоему подвиду европейской расы, которая была по мнению нацистских расологов "почти арийской". Что не устроило "расолога" орденского замка во время медосмотра этого парнишки, сказать невозможно - большинство немцев на таких осмотрах (приносивших кучу документов и выписок из метрических книг, где фиксировались несколько поколений чисто немецких родственников) чаще всего объявлялись "гармоничными носителями черт разных рас". В этой системе человеку европейской внешности (с весьма широко варьирущимися чертами) с документами, удостоверяющими его "арийское" происхождение (а это необязательно было немецкое - граждане рейха польского, русского, чешского и прочих европейских происхождений признавались "арийцами") можно было без проблем получить нужное заключение даже при отсутствии у него крайней плоти.
В этих условиях лучшим способом избавиться от таких проблем было, пожалуй, создание себе "новой личности" - изготовление поддельных документов на чужое имя, создание себе новой родословной и т.п. В этом смысле даже некоторые черты внешности, которые могут быть характерны, стереотипны для евреев (могу сказать за себя - для меня практически безусловным признаком у человека наличия предков-евреев из Восточной Европы является характерное очертание нижней губы, как будто постоянно смоченное слюной, как раз такая нижняя губа была и у ефрейтора Гольдберга со знаменитой фотографии, такая же губа была и кое у кого из моих родных, через которых я в Германском рейхе мог бы получить статус мишлинга 2-й степени со своим еврейским прадедушкой) - форма носа, ширококостное телосложение, немного выпученные губы, густой волосяной покров (как карикатурно изображали евреев в "Штурмовике" Юлиуса Штрайхера) вовсе могли быть проигнорированы "расологом". Так что единственный способ удостовериться в еврейском происхождении человека в тех условиях, которые предложили вы сами - человек живёт в Германии, говорит на немецком языке и имеет немецкое имя - это проверка его документов и соответствующих архивов, сохранивших информацию о предках человека (ведь без документов, в том числе о происхождении, невозможно не только заключить брак, но и снять или купить жильё, поступить на работу, получить пособие, вступить в какую-либо организацию - все немецкие объединения вплоть до "Немецкого общества любителей волнистых попугайчиков" - абсолютно реальный случай - были подвергнуты "гляйсшальтунгу", нацистской унификации, и вступить хоть в СС, хоть в добровольное общество пожарных вы могли только предоставив сведения о своём происхождении, - получить карточки на продовольствие или товары народного потребления, окончательно введённые в 1938 году и т.д.). Все остальные признаки, как вы могли убедиться из моего рассказа - обрезание крайней плоти, черты лица, телосложение - не давали никакого гарантированного результата и в зависимости от обстоятельств могли быть удостоверены как "гармоничное сочетание признаков нескольких рас".
Что же до того, как в таких случаях поступали немцы в других странах и на оккупированных территорий, то это отдельная огромная тема, требующая особого обсуждения.