Надо понимать, что появление таких мгновенных мыслей и фиксирование процесса размышления -- разные процессы и за них отвечают разные участки мозга. В первом случае речь идет о кратковременной памяти, во втором случае -- о долговременной. То есть в Вашем случае, есть некоторый барьер между первым и вторым этапом. Поэтому необходимо развивать долговременную память. Для этого можно стараться запоминать нужную информацию, отрывки текстов, песен, стихов, цифры и др. Песни, кстати говоря, очень хорошо способствуют развитию памяти. Специалисты рекомендуют метод ассоциаций, когда что-то запоминаешь, когда ассоциируешь предмет/явление с чем-то еще.
Непосредственно во время размышлений, записывайте ход своих рассуждений. Таким образом Вы научитесь управлять своими мыслительными процессами. Если мысль в очередной раз улетела, попробуйте восстановить ход предыдущих мыслей. Никакая информация, в том числе, мысли, не исчезают из мозга, все регистрируется. Просто нужно развить долговременную память, чтобы вовремя извлекать из нее нужную информацию.
Не торопиться записывать, а хорошенько ее сначала воспроизвести мысленно и запомнить.