При натуральной инфекции (заболевании) иммунитет реагирует как получится и не всегда оптимально. Если заболевание протекает тяжело, иммунные клетки работают, расходуются и гибнут (так называемый феномен activation-induced death, exhaustion), вместо того, чтобы выжить и стать клетками иммунной памяти.
Вакцинация не создает такого стресса для организма, не приводит к сильному воспалению и интоксикации и позволяет активировать иммунные клетки так, что они становятся иммунной памятью, а не погибают в борьбе. К тому же, хорошая вакцина вызывает сфокусированный иммунитет, например, только противовирусный.
А при, например, инфекции коронавирусом SARS-CoV-2 часто активируется и противовирусная ветвь иммунитета (тип 1), и гуморальная аллергическая ветвь (тип 2) и воспалительный тип 3 иммунитета. Даже если образуется иммунная память, это будет смешанный и неоптимальный процесс.