Дык скорость же относительная. Поэтому в пределах Солнечной системы можно собственную скорость солнечной системы не учитывать. Более того, для расчета орбит небесных тел в Солнечной системе, удобнее назначить Солнце как точку отсчета.
Если же учитывать движение Солнечной системы, то действия межпланетной станции (ну т.е. когда включать двигатели, куда их поворачивать и т.д.) будут абсолютно такими же, но вот вычисления серьезно усложнятся.
Точно так же, как контролер бродит по вагонам едущей электрички. Движение поезда же не препятствует возможности перемещаться взад-вперед между пассажирами и штрафовать неудачников и студентов.
Встречный вопрос: а почему движение Солнечной системы должно мешать межпланетным перелётам?
Вращение Земли вокруг Солнца же не мешает полётам самолетов или космических станций.