"Слоеная архитектура" слишком общее понятие. Существуют паттерны, описывающие как именно разбить архитектуру приложения на слои. Наиболее на слуху MVC.
Не знаю насколько это самое простое на этапе начального вхождения. Но самое эффективное. А также самое простое в плане дальнейшего развития и поддержки системы. Не изобретать велосипед, а использовать один из популярных фреймворков. В которые т.н. "слоеная архитектура" создаваемого приложения уже заложена. Только разобраться как применять его правильно а не просто лишь бы работало на начальном этапе.
Тот же MVC конечно можно применять и без фреймворка. Вот только опыт подсказывает что в итоге такое применение выливается в самодельный фреймворк. Специфичный для конкретной задачи, толком не документированный. Поддерживать это потом - кошмар просто. Хотя просмотреть курс как это делается просто чтобы понять паттерн полезно.
В любом случае что с фреймворком что без это не про расположение файлов по папкам. Это концептуальные вещи. Многие десятки если не стони страниц текста или десятки часов видеокурса.